Игра является приквелом Deus Ex. Её действия будут развиваться в 2027 году (действия оригинальной игры развивались в 2052 году). Главного героя зовут Адам Дженсен, и он работает в службе безопасности корпорации Sarif Industries, мирового лидера по производству имплантатов для людей. Под прикрытием толпы, выступающей против аугментации, на штаб-квартиру компании в Детройте совершается организованное нападение. Неизвестные киберусовершенствованные агенты провоцируют полицию, сдерживающую беспорядки, открыть огонь по бунтующим людям. В ходе атаки гибнет много тех, кого герой должен был защищать. Вероятная цель штурма — срыв исследования, которым в данный момент занимались ученые Sarif Industries. Сам Адам был сильно покалечен. Чтобы узнать, кто стоит за нападением, Адам проходит процедуру вживления имплантатов (судя по комиксу: были установлены мозговые усилители, заменены руки, ноги, вживлена броня, встроены искусственные зрачки) и начинает собственное расследование.